Det var en särdeles kännbar olägenhet i början af Gustaf Adolfs regering, att en stor del af landet var anslagen till furstendömen eller till lifgeding åt hertigarne Johan och Karl Filip samt änkedrottningarna Katarina Stenbock och Kristina. Härigenom förminskades konungens både inkomster och makt, likasom regeringsåtgärdernas kraft och sammanhang, och de obehagligaste tvister kunde däraf i framtiden föranledas, likasom fordom under konungarne Eriks och Johans regeringar. Lyckan befriade dock Gustaf Adolf från alla dylika uppträden, emedan inom 11 års tid båda hertigarne med döden bortgingo utan att lämna några lagliga arfvingar.
Hertig Johan, son af Johan den tredje och Gunilla Bielke, var lärd och redlig, i krig tapper, i fred stilla och fromsint. Till riksstyrelsen hade han hvarken förmåga eller lust utan lämnade den icke ogärna åt Gustaf Adolf mot någon tillökning på furstendömet. I dessa tänkesätt styrktes han också af sina tjänare i allmänhet, särdeles af gunstlingen Göran Gyllenstierna. Från andra håll däremot gjordes flera försök att genom hertig Johan stifta oro i riket, och Sigismund tillställde honom i sådan afsikt ett bref, gömdt i ett knifskaft. Men Johan skickade brefvet genast till Gustaf Adolf. Denne å sin sida bemötte hertigen alltid med största uppmärksamhet och verkligt förtroende, kallade honom statens pelare och uppdrog åt honom åtskilliga angelägna ärenden, hvilka alla blefvo tämligen väl och till nöje uträttade.
För sig själf däremot visade hertigen mindre duglighet. Furstendömet vanvårdades, och det eljest så rika Östergötland var slutligen helt och hållet utarmadt; likaså dess hertig. Vid sin död lämnade han betydliga skulder och bad i testamentet, att hertigdömets inkomster ännu någon tid måtte till betalningen anslås, på det bedragna borgenärer icke skulle få orsak att kvida och beklaga sig på hans döda mull. (Bond. Hertig Johans af Östergötland testamente. Bråborg den 9 mars 1645.)
Till denna dåliga förvaltning bidrog ganska mycket hertigens beständiga sjuklighet, kanske äfven hans olyckliga giftermål. Det sluga paret Karl den nionde och drottning Kristina hade nämligen förutsett, huru farlig hertig Johan kunde blifva, därest han erhölle en främmande och ärelysten furstinna till gemål. För att förekomma sådant beslöto de gifta honom med sin egen dotter, den till kropp och själ svaga Maria Elisabet. De bägge föreslagna kände ingen synnerlig böjelse för hvarandra men voro ännu unga, Johan 21, Maria 15 år, båda af naturen eftergifna och från barndomen vanda vid blind lydnad för Karls och Kristinas befallningar. I början på året 1611 blefvo de förlofvade. Enligt då gällande författningar var väl äktenskap mellan syskonbarn förbjudet, men Karl rådfrågade härvid hvarken prästerskap eller ständer, och ingen vågade oåtspord säga något däremot.
Efter Karls död följde regeringen samma plan, och på riksdagen i Stockholm 1612 väcktes fråga om prinsessans brudskatt. Nu fattade prästerna mod, och utan att vara rådfrågade, inlämnade de ett allvarsamt betänkande mot giftermål mellan syskonbarn i allmänhet, med anhållan att konungen täcktes sådana förbjuda. Änkedrottning Kristina blef öfver denna deras djärfhet högligen förtörnad och skref dem till ett förebrående bref, hvari hon bland annat erinrade dem, att giftermål hörde icke under andlig utan världslig lag. Regeringen fäste intet afseende vid prästernas insaga, och 1612 den 29 november blefvo de tvenne furstliga personerna sammanvigda på Stockholms slott med all den tidens brukliga prakt och högtidlighet.
Deras äktenskap blef olyckligt. Sjuklig var hertigen, än mera hertiginnan; hon var till och med stundom rubbad till sina sinnen. Inbördes kärlek och förtroende saknades. Inga barn förljufvade deras sammanvaro, inga allvarsamma göromål upptogo deras tid. Sysslolösa, sjuka, ledsna vid hvarandra och hela lifvet, tillbragte de sorgsna dagar än på Bråborg, än på Kungsbro eller Vadstena. Glädjen flydde, och vantrefnaden kom, hvarhelst de visade sig. Allmänheten hviskade, att man tydligen kunde skönja Guds straff öfver det olofliga äktenskapet. Själfva änkedrottning Kristina ändrade slutligen tankar och tal. Gud förlåte prästerskapet, sade hon, att de icke togo bladet från munnen och sade bestämdt nej till den olyckliga förbindelsen.
Detta sorgliga äktenskap blef lyckligtvis icke långvarigt. År 1618 i mars månad dog hertigen, fem månader därefter hertiginnan. Då de icke efterlämnade några barn, hemföll hela furstendömet till kronan.